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      KASP SNP基因分型技術介紹
      來源:Genenode|君諾德公司     發(fā)布時間:2017-12-26     Hits:19064


      單核苷酸多態(tài)性
      (Single Nucleotide Polymorphisms,SNPs),指由于單個核苷酸堿基的改變而導致的核酸序列的多態(tài)性。在不同個體的同一條染色體或同一位點的核苷酸序列中,絕大多數(shù)核苷酸序列一致而只有一個堿基不同的現(xiàn)象,這就是SNP。
       由于SNP在人類基因組中數(shù)量較多,發(fā)生頻率較高,因此被認為是繼微衛(wèi)星之后的新一代遺傳學標記,在醫(yī)學遺傳學、藥物遺傳學、疾病遺傳學、疾病診斷學、以及人類進化等研究領域都有著很高的研究價值和應用前景。


      KASP SNP技術原理
      KASP方法即Kompetitive Allele-Specific PCR(競爭性等位基因特異性PCR),可以用2個熒光探針、2個通用淬滅探針,再加多個位點特異探針來檢則多個SNP位點,這項技術是基于引物末端堿基的特異匹配來對SNP分型以及檢測InDels (插入和缺失)。原理上類似Taqman檢測,也是基于終端熒光讀取判斷,每孔采用雙色熒光檢測一個樣本的一個位點可能的兩種基因型,而KASP技術與Taqman技術不同的是,它不需要每個SNP位點都去合成特異的熒光引物,它基于自己獨特的ARM PCR原理,讓所有的位點檢測最終都使用通用熒光引物擴增,這大大降低了LGC KASP的試劑成本,既有金標準的準確,又降低了使用成本,比Taqman還具有更好的位點適應性,所以在醫(yī)學、農(nóng)學檢測方面KASP都有非常好的應用,尤其適用于大量樣本,大量位點的檢測,檢出率高,準確性好。

      技術特點:高通量,簡單,靈活,準確率高,檢出率好!
      分型結(jié)果準確,準確度>99.8%
       基于終端熒光讀取判斷,每孔采用雙色熒光檢測一個樣本的一個位點可能的兩種基因型,不同的SNP模板對應不同的熒光產(chǎn)物。
       檢測成本低
       不需要每個SNP位點都去合成特異的熒光引物,它基于自己獨特的ARM PCR原理,讓所有的位點檢測最終都使用通用熒光引物擴增,這大大降低了試劑成本。合成的探針可用于上千樣本的檢測。
       節(jié)省樣品
       對樣本質(zhì)量要求沒那么高,每個SNP檢測僅需樣本1-10ng DNA (根據(jù)人類基因組大小測算)。
       檢測時間短,檢測通量高
       全自動的工作平臺及超大通量,使得實驗最短的時間內(nèi)完成檢測,,靈活采用 96 孔板、384 孔板,甚至是 1536 孔板,一天可檢測八萬個以上 SNP 位點;檢測體積低至 1μL,且僅采用常規(guī)引物探針即可完成實驗,大大降低檢測成本。
       一站式服務
       從提供生物樣本開始,進行探針設計、DNA抽提、檢測到分析結(jié)果,提供省心省力的一站式服務。

      成本最低,準確率高,檢出率好的SNP分型方法:
       基因分型費用2.5-3元/位點,引物探針設計合成費用:200-300元/位點。

      客戶需提供
      • 細胞,組織或血液等樣品材料,基因組DNA提取費用單獨收費; 
      • 基因組DNA(體積≥30μl,濃度≥50 ng/μl),純度 OD260/280 為1.7~1.9之間; 
      • 人類基因組需提供SNP位點的RS號。其它物種如牛、雞、魚等無rs號的,需提供SNP位點上下游各200bp的確切序列,SNP位點的突變類型,以及位點的上下游25bp內(nèi)是否存在其它連鎖位點。
      最終提交結(jié)果
      • SNPs結(jié)果(ExceL表格); 
      • 2. 完整實驗報告:擴增和反應體系、所涉及的引物、探針序列;


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