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生物信息數(shù)據(jù)庫大全

來源：Genenode|君諾德公司發(fā)布時間：2017-03-28 Hits：7626

常用數(shù)據(jù)庫

數(shù)據(jù)庫	網(wǎng)站	數(shù)據(jù)庫介紹
INSD綜合數(shù)據(jù)庫		國際核酸序列數(shù)據(jù)庫（International Nucleotide Sequence Databank）。由日本的DDBJ、歐洲的EMBL和美國的GenBank三家各自建立和共同維護。
EMBL	http://www.ebi.ac.uk/embl.html	歐洲分子生物學實驗室的DNA和RNA序列庫。
NCBI	http://www.ncbi.nlm.nih.gov	國家生物技術信息中心（National Center for Biotechnology Information，簡稱NCBI）是美國國家醫(yī)學圖書館（NLM）的一部分。
DDBJ	http://www.ddbj.nig.ac.jp	日本核酸數(shù)據(jù)庫。
GSDB	http://www.ncgr.org/gsdb	GSDB是由美國國家基因組資源中心(NCGR)維護的DNA序列關系數(shù)據(jù)庫(Genome Sequence DataBase)。
TIGR DATAbase	http://www.tigr.org/tdb/hcd/overview.html	世界上最大的cDNA數(shù)據(jù)庫，還有大量的EST序列和人類基因索引(HGI)
DNA序列數(shù)據(jù)庫		包括與DNA的復制、轉錄、修復等有密切關系的蛋白質(zhì)因子。
BioSino	http://www.biosino.org/	BioSino是中國自主開發(fā)的核酸序列公共數(shù)據(jù)庫。
CUTG	http://www.kazusa.or.jp/codon/	MM子使用頻度表。
EPD	http://www.epd.isb-sib.ch/	真核生物啟動子數(shù)據(jù)庫（Eukaryotic Promotor Database）
TRANSFAC	http://transfac.gbf.de/TRANSFAC	真核生物基因表達調(diào)控因子的數(shù)據(jù)庫。
TRRD	http://www.mgs.bionet.nsc.ru/mgs/dbases/trrd4/	真核生物基因組轉錄調(diào)控區(qū)數(shù)據(jù)庫。
OOTFD	http://www.ifti.org/	轉錄因子和基因表達數(shù)據(jù)庫。
RepBase	http://www.girinst.org/~server/repbase.html	真核生物DNA中重復序列數(shù)據(jù)庫。
MicroSatellite	http://nmnhgoph.si.edu/gopher-menus/MicroSatelliteDatabase.html	微衛(wèi)星重復序列數(shù)據(jù)庫。
ALU數(shù)據(jù)庫	http://ncbi.nlm.nih.gov(/pub/jmc/alu/)	ALU數(shù)據(jù)庫是人及其他靈長類代表性的Alu重復片段。
Simple Repeats	http://ncbi.nlm.nih.gov	簡單重復序列庫。
COMPEL	ftp://ftp.gbf-braunschweig.de(/pub/compel/)	復合元件數(shù)據(jù)庫。
MPDB	http://www.biotech.ist.unige.it/interlab/mpdb.html	分子探針數(shù)據(jù)庫。
HvrBase	http://monolith.eva.mpg.de/hvrbase/	HvrBase,靈長類mtDNA調(diào)控區(qū)序列庫，主要是人的HVI和HVII兩個高變異區(qū)的序列。
PlantCARE	http://sphinx.rug.ac.be:8080/PlantCare/	PlantCARE,植物順式作用(cis-acting)調(diào)控因子數(shù)據(jù)庫。
PLACE	http://www.dna.affrc.go.jp/htdocs/PLACE/	PLACE是從文獻中搜集的植物順式作用調(diào)控元件DNA模體的數(shù)據(jù)庫,只涉及維管植物。
Mendel數(shù)據(jù)庫	http://jiio6.jic.bbsrc.ac.uk/	Mendel數(shù)據(jù)庫,搜集植物STS和EST序列。
HOX Pro	http://spirov.iephb.nw.ru/hox_pro/hox-pro00.html	HOX Pro同源異型盒(homeobox)基因數(shù)據(jù)庫。
OPD	http://www.cme.msu.edu/OPD/	寡核苷酸探針數(shù)據(jù)庫(Oligonucleotide Probe Database)
dbSTS	http://www.ncbi.nlm.nih.gov/dbSTS/	序列標記位點(Sequence Tagged Sites)數(shù)據(jù)庫。
dbEST	http://www.ncbi.nlm.nih.gov/dbEST/	dbEST.這是GenBank的重要組成部分,它包含若干物種的已表達的序列標記信息.
AmmtDB	http://bio-www.ba.cnr.it:8000/BioWWW/#AMMTDB	AmmtDB,后生動物線粒體DNA多序列聯(lián)配數(shù)據(jù)庫,搜集了脊椎動物線粒體中編碼蛋白質(zhì)和tRNA的多DNA序列對比數(shù)據(jù),以及哺乳動物mtDNA主調(diào)控區(qū)序列聯(lián)配數(shù)據(jù).
HOVERGEN	http://acnuc.univ-lyon1.fr/	脊椎動物同源基因數(shù)據(jù)庫(HOmologous VERtebrate GENes)
DNA結構參數(shù)庫	ftp://transfac.gbf.de(/pub/structure_library)
NUCLEOSOME	ftp://ftp.ebi.ac.uk/pub/databases/nucleosomal_dna/	NUCLEOSOME數(shù)據(jù)庫,收集實驗測定的核小體數(shù)據(jù),用于預測DNA中與組蛋白八聚體結合的位點.
SELEX_DB	http://www.mgs.bionet.nsu.ru/mgs/systems/selex/	SELEX_DB,隨機化序列庫.
ASDB	http://hattrick.lbl.gov:8888/	交替剪接基因的數(shù)據(jù)庫
Intronerator	http://www.cse.ucse.edu/~kent/intronerator/	秀麗線蟲內(nèi)含子和交替剪接數(shù)據(jù)庫

摘自小木蟲 http://muchong.com/html/200603/196703.html

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